اختلافات سیاسى بین امویان و عباسیان و تقسیم شدن اسلام به فرقههاى مختلفو ظهور عقاید مادى و نفوذ فلسفه یونان در کشورهاى اسلامى ، موجب پیدایش یک نهضت علمى گردید . نهضتى که پایههاى آن بر حقایق مسلم استوار بود . چنین نهضتى لازم بود ، تا هم حقایق دینى را از میان خرافات و موهومات و احادیث جعلى بیرون کشد و هم در برابر زندیقها و مادیها با نیروى منطق و قدرت استدلال مقاومت کند و آراى سست آنها را محکوم سازد . گفتگوهاى علمى و مناظرات آن حضرت با افراد دهرى و مادى مانند "ابن ابى العوجاء" و "ابو شاکر دیصانى" و حتى "ابن مقفع" معروف است .
به وجود آمدن چنین نهضت علمى در محیط آشفته و تاریک آن عصر ، کار هر کسى نبود ، فقط کسى شایسته این مقام بزرگ بود که مأموریت الهى داشته باشد و از جانب خداوند پشتیبانى شود ، تا بتواند به نیروى الهام و پاکى نفس و تقوا وجود خود را به مبدأ غیب ارتباط دهد ، حقایق علمى را از دریاى بیکران علم الهى به دست آورد ، و در دسترس استفاده گوهرشناسان حقیقت قرار دهد .
تنها وجود گرامى حضرت صادق ( ع ) مىتوانست چنین مقامى داشته باشد ، تنها امام صادق ( ع ) بود که با کنارهگیرى از سیاست و جنجالهاى سیاسى از آغاز امامت در نشر معارف اسلام و گسترش قوانین و احادیث راستین دین مبین و تبلیغ احکام و تعلیم و تربیت مسلمانان کمر همت بر میان بست .
زمان امام صادق ( ع ) در حقیقت عصر طلایى دانش و ترویج احکام و تربیت شاگردانى بود که هر یک مشعل نورانى علم را به گوشه و کنار بردند و در "خودشناسى" و "خداشناسى" مانند استاد بزرگ و امام بزرگوار خود در هدایت مردم کوشیدند .
در همین دوران درخشان - در برابر فلسفه یونان - کلام و حکمت اسلامى رشد کرد و فلاسفه و حکماى بزرگى در اسلام پرورش یافتند . همزمان با نهضت علمى و پیشرفت دانش بوسیله حضرت صادق ( ع ) در مدینه ، منصور خلیفه عباسى که از راه کینه و حسد ، به فکر ایجاد مکتب دیگرى افتاد که هم بتواند در برابر مکتب جعفرى استقلال علمى داشته باشد و هم مردم را سرگرم نماید و از خوشهچینى از محضر امام ( ع ) بازدارد .
بدین جهت منصور مدرسهاى در محله "کرخ" بغداد تأسیس نمود . منصور در این مدرسه از وجود ابو حنیفه در مسائل فقهى استفاده نمود و کتب علمى و فلسفى را هم دستور داد از هند و یونان آوردند و ترجمه نمودند ، و نیز مالک را - که رئیس فرقه مالکى است - بر مسند فقه نشاند ، ولى این مکتبها نتوانستند وظیفه ارشاد خود را چنانکه باید انجام دهند .
امام صادق ( ع ) مسائل فقهى و علمى و کلامى را که پراکنده بود ، به صورت منظم درآورد ، و در هر رشته از علوم و فنون شاگردان زیادى تربیت فرمود که باعث گسترش معارف اسلامى در جهان گردید . دانشگسترى امام ( ع ) در رشتههاى مختلف فقه ، فلسفه و کلام ، علوم طبیعى و ... آغاز شد . فقه جعفرى همان فقه محمدى یا دستورهاى دینى است که از سوى خدا به پیغمبر بزرگوارش از طریق قرآن و وحى رسیده است .
بر خلاف سایر فرقهها که بر مبناى عقیده و رأى و نظر خود مطالبى را کم یا
زیاد مىکردند ، فقه جعفرى توضیح و بیان همان اصول و فروعى بود که در مکتب اسلام از آغاز مطرح بوده است . ابو حنیفه رئیس فرقه حنفى درباره امام صادق ( ع ) گفت : من فقیهتر از جعفرالصادق کسى را ندیدهام و نمىشناسم . فتواى بزرگترین فقیه جهان تسنن شیخ محمد شلتوت رئیس دانشگاه الازهر مصر که با کمال صراحت عمل به فقه جعفرى را مانند مذاهب دیگر اهل سنت جایز دانست - در روزگار ما - خود اعترافى است بر استوارى فقه جعفرى و حتى برترى آن بر مذاهب دیگر . و اینها نتیجه کار و عمل آن روز امام صادق ( ع ) است .
در رشته فلسفه و حکمت حضرت صادق ( ع ) همیشه با اصحاب و حتى کسانى که از دین و اعتقاد به خدا دور بودند مناظراتى داشته است . نمونهاى از بیانات امام ( ع ) که در اثبات وجود خداوند حکیم است ، به یکى از شاگردان واصحاب خود به نام "مفضل بن عمر" فرمود که در کتابى به نام "توحید مفضل" هم اکنون در دست است . مناظرات امام صادق ( ع ) با طبیب هندى که موضوع کتاب "اهلیلجه" است نیز نکات حکمتآموز بسیارى دارد که گوشهاى از دریاى بیکران علم امام صادق ( ع ) است . براى شناسایى استاد معمولا دو راه داریم ، یکى شناختن آثار و کلمات او ، دوم شناختن شاگردان و تربیتشدگان مکتبش .
کلمات و آثار و احادیث زیادى از حضرت صادق ( ع ) نقل شده است که ما حتى قطرهاى از دریا را نمىتوانیم به دست دهیم مگر "نمى از یمى" . اما شاگردان آن حضرت هم بیش از چهار هزار بودهاند ، یکى از آنها "جابر بن حیان" است . جابر از مردم خراسان بود . پدرش در طوس به داروفروشى مشغول بود که به وسیله طرفداران بنى امیه به قتل رسید . جابر بن حیان پس از قتل پدرش به مدینه آمد . ابتدا در نزد امام محمد باقر ( ع ) و سپس در نزد امام صادق ( ع ) شاگردى کرد . جابر یکى از افراد عجیب روزگار و از نوابغ بزرگ جهان اسلام است .
در تمام علوم و فنون مخصوصا در علم شیمى تألیفات زیادى دارد ، و در رسالههاى خود همه جا نقل مىکند که ( جعفر بن محمد ) به من چنین گفت یا تعلیم داد یا حدیث کرد . از اکتشافات او اسید ازتیک ( تیزآب ) و تیزاب سلطانى و الکل است .
وى چند فلز و شبه فلز را در زمان خود کشف کرد . در دوران "رنسانس اروپا" در حدود 30. رساله از جابر به زبان آلمانى چاپ و ترجمه شده که در کتابخانههاى برلین و پاریس ضبط است .
حضرت صادق ( ع ) بر اثر توطئههاى منصور عباسى در سال 148 هجرى مسموم و در قبرستان بقیع در مدینه مدفون شد . عمر شریفش در این هنگام 65 سال بود . از جهت اینکه عمر بیشترى نصیب ایشان شده است به "شیخ الائمه" موسوم است .
حضرت امام صادق ( ع ) هفت پسر و سه دختر داشت .
پس از حضرت صادق ( ع ) مقام امامت بنا به امر خدا به امام موسى کاظم ( ع ) منتقل گردید .
دیگر از فرزندان آن حضرت اسمعیل است که بزرگترین فرزند امام بوده و پیش از وفات حضرت صادق ( ع ) از دنیا رفته است . طایفه اسماعیلیه به امامت وى قائلند .